W ramach obowiązującej formy prawnej w spółce funkcjonują następujące organa:

Zgromadzenie Wspólników

Kompetencje Zgromadzenia Wspólników zgodnie z umową spółki wykonuje Prezydent Miasta Elbląga.

Rada Nadzorcza

Stały nadzór nad działalnością Spółki sprawuje Rada Nadzorcza, która składa się z 4 do 6 członków powołanych na okres 3-letniej wspólnej kadencji.

Skład Rady Nadzorczej EPEC Sp. z o.o. powołanej na wspólną kadencję 2018-2020:

1.    Henryk Wronkowski - przewodniczący
2.    Janusz Nowak - członek
3.    Tomasz Sobiecki - członek
4.    Maciej Kwiatkowski – członek
5.    Wojciech Gierszewski - sekretarz

Zarząd Spółki

Przedsiębiorstwem zarządza i reprezentuje je na zewnątrz jednoosobowy Zarząd Spółki. Funkcję Prezesa Zarządu pełni

• Andrzej Kuliński

Dyrektorzy pionów wykonawczych:

• Jacek Migdalski - Dyrektor ds. Eksploatacji Systemu Ciepłowniczego
• Michał Gliniecki - Dyrektor ds. Finansowych Główny Księgowy