W ramach obowiązującej formy prawnej w spółce funkcjonują następujące organa:

Zgromadzenie Wspólników

Kompetencje Zgromadzenia Wspólników zgodnie z umową spółki wykonuje Prezydent Miasta Elbląga.

Rada Nadzorcza

Stały nadzór nad działalnością Spółki sprawuje Rada Nadzorcza, która składa się z 4 do 6 członków powołanych na okres 3-letniej wspólnej kadencji.

Skład Rady Nadzorczej EPEC Sp. z o.o. powołanej na wspólną kadencję 2015-2017:

1. Tomasz Wagner - przewodniczący
2. Janusz Dariusz Nowak - członek
3. Grzegorz Adamowicz - członek
4. Maciej Kwiatkowski – członek

Zarząd Spółki

Przedsiębiorstwem zarządza i reprezentuje je na zewnątrz jednoosobowy Zarząd Spółki. Funkcję Prezesa Zarządu pełni

• Henryk Wronkowski

Dyrektorzy pionów wykonawczych:

• Jacek Migdalski - Dyrektor ds. Eksploatacji Systemu Ciepłowniczego
• Michał Gliniecki - Dyrektor ds. Finansowych Główny Księgowy